根據中科院和廣東省簽署的合作協議，中國散裂中子源裝置將建設在廣東省東莞市。中國科學院高能物理研究所將在東莞市設立分部，為中國散裂中子源項目建設暨廣東東莞散裂中子源國家實驗室的法人單位，中國科學院物理研究所是項目的共建單位。
用戶優先的原則，是中國散裂中子源建設的基本指導思想。中子散射用戶廣泛和深入的參與，是中國散裂中子源建設成功的保證。中國散裂中子源的專家論證、概念研究和前期預研，始終以用戶的現實需要為出發點；中科院從2004年以來，先后舉辦三屆散裂中子源用戶研討會，深入探討中子散射的多學科應用、推廣中子散射技術、培養潛在用戶，進一步了解我國用戶和潛在用戶的需求。
根據國內用戶調查，中國散裂中子源目前已確定的首批用戶，包括中科院下屬9個研究所的70多個研究組以及全國22所大學、中國原子能科學研究院等研究機構的30多個研究組。此外，在工程和工業的應用方面，我國凝聚態物理、化學、材料、生物科學、聚合物和軟物質、地球科學、機械加工工業、核物理、質子成像和醫學應用等領域內的眾多科技人員，都是中國散裂中子源的潛在用戶。隨著后續廣東東莞散裂中子源國家實驗室的設立，中國散裂中子源將基于其多學科研究中心和廣泛的用戶群體，跟蹤國際中子應用領域最新實驗方法和成果，進行自主研發，創新超越，充分利用裝置的高性能，為人類科學事業和社會進步做出貢獻。
中科院高能物理研究所所長陳和生院士指出，散裂中子源和同步輻射光源等大科學研究裝置是國家科技創新體系的要素，以它們為核心形成大型多學科交叉研究基地。歐美日等發達國家都投巨資建設這類大科學研究裝置，成為了它們科技創新能力的標志。1984年小平同志高瞻遠矚，決定建造北京正負電子對撞機，不僅使中國的高能物理在世界占有了一席之地，并使北京同步輻射裝置成為多學科交叉前沿研究的大型平臺，而最重要的貢獻是培養了一支專業齊全的高水平的大科學裝置建設隊伍，獲得了大科學裝置建設、運行和開放的寶貴經驗，為包括中國散裂中子源在內的多項大科學裝置建設奠定了基礎。
散裂中子源作為大科學工程，其建設需要采用一系列高新技術。工程建設在充分吸取國外散裂中子源建設的技術和經驗，廣泛開展國際合作的同時，最大限度地在國內開發出項目建設所需高新技術，從而達到既節省項目經費、又提升國內相關產業技術水平的雙贏局面。大科學裝置的建造過程，也將直接孕育一大批應用技術的發展。
可以預見，中國散裂中子源的建成及運行，將在珠三角地區形成一個國際一流的大型綜合科學研究基地，在推動我國相關領域的基礎和應用研究發展的同時，將有力地推動珠三角地區的基礎科學研究和應用研究、以及相關高技術的發展，培養大批科技人才，輻射到南方各省、全國以及東南亞地區，促進產業升級，產生巨大的社會效益和經濟效益。
